首先，兩套標準都是ISO組織制訂的針對管理方面的標準，都是國際貿易中消除貿易壁壘的有效手段。

　　其次，兩套標準的要素有相同或相似之處。（見下表）

　　再次，兩套標準最大的區別在于面向的對象不同，ISO9000標準是對顧客承諾，ISO14000標準是對政府、社會和眾多相關方（包括股東、貸款方、保險公司等等）；ISO9000標準缺乏行之有效的外部監督機制，而實施ISO14000標準的同時，就要接受政府、執法當局、社會公眾和各相關方的監督。

　　最后，在體系中，兩套標準部分內容和體系的思路上有著質的不同，包括環境因素識別、重要環境因素評價與控制，適用環境法律、法規的識別、獲取、遵循狀況評價和跟蹤最新法規，環境目標指標方案的制定和實施完成，以期達到預防污染、節能降耗、提高資源能源利用率，最終達到環境行為的持續改進的目的。